Dans les systèmes de production agricole, l’utilisation de résistances variétales représente une alternative écologique aux produits phytosanitaires pour lutter contre les agents pathogènes de plantes. Cependant, il existe de nombreux exemples de contournement ou d’érosion de résistances variétales dues à l’adaptation des populations d’agents pathogènes. Un exemple récent est celui de l’érosion de résistances quantitatives du bananier par le champignon Pseudocercospora fijiensis, agent responsable de la Maladie des Raies Noires (MRN). Pour mieux comprendre ces érosions, les travaux de cette thèse avaient pour objectif de mettre en évidence une adaptation des populations de P. fijiensis à des résistances quantitatives, d’identifier l’architecture adaptative sous-jacente et de rechercher si des génotypes adaptés ont pu être diffusés en particulier dans les Antilles Françaises. L’existence d’une adaptation locale à des résistances quantitatives a été démontrée chez des populations P. fijiensis de Cuba et de République Dominicaine grâce à des inoculations in vitro. Des analyses de génomique des populations et de génétique quantitative ont permis d’identifier 25 régions génomiques potentiellement impliqués dans l’adaptation à ces résistances. Ces résultats suggèrent une architecture adaptative complexe impliquant une base génétique polygénique, de la redondance fonctionnelle et peu de convergence entres les populations étudiées. L’annotation des gènes détectés dans les régions génomiques et des données biologiques confortent l’hypothèse que certains d’entre eux puissent jouer un rôle dans la pathogénicité. Enfin, une analyse de génétique des populations de la régions Amérique Latine – Caraïbes a permis de proposer l’hypothèse d’une introduction en Guadeloupe de génotypes pré-adaptés à des résistances depuis Cuba qui pourraient expliquer les forts niveaux de maladie observés récemment sur des géniteurs résistants. Cette étude apporte des premiers éléments et une méthodologie pour comprendre l’adaptation des champignons aux résistances quantitatives.