Equipe MICROQUAR

Microbiote des plantes et Quarantaine
Diversité de variétés de canne à sucre © Cirad, J.Y. Hoarau

Missions

  • Comprendre les processus d'assemblage du microbiote et en particulier du virome des plantes.
  • Proposer une vision holistique de la santé des plantes intégrant le microbiote et notamment le virome des plantes.
  • Développer et transférer des solutions de surveillance et de lutte contre les maladies des plantes (expertise et quarantaine).
  • Renforcer les capacités d'enseignement supérieur de nos partenaires du Sud et du Nord.

Objectifs généraux

L'équipe MicroQuar a pour objectif principal le décryptage du microbiote végétal et l’analyse de son rôle dans la valeur adaptative des plantes. L’assemblage du microbiote, la dynamique des guildes microbiennes mutualistes (Fertibiote) et pathogènes (Pathobiote), ainsi que leurs interactions avec la plante hôte constituent les fondements des axes de recherche de l’équipe. Ces études effectuées à différentes échelles écologiques ont pour finalité la mise en place de stratégies innovantes de surveillance et de prévention des maladies, ainsi que la lutte contre les agents phytopathogènes au sein des agroécosystèmes. L’équipe MicroQuar héberge deux structures d’expertise, d’une part une quarantaine canne à sucre (Visacane), et d’autre part un service d'appui en métagénomique pour le diagnostic microbien des agroécosystèmes (MetaHealth).

Thématique/discipline de recherche

  • Bioinformatique.
  • Ecologie.
  • Microbiologie.
  • Pathologie végétale.
  • Quarantaine des plantes.
  • Symbiose végétale.
  • Virologie.

Activités d’expertise

Metahealth   MetaHealth est un service d’appui en génomique environnementale appliquée à la caractérisation du microbiote, de la plante à l’agro-écosystème, pour répondre aux enjeux de santé des sols et des plantes.
Visacane   Visacane  est un service de quarantaine de canne à sucre du Cirad qui a pour principales missions : la détection des agents pathogènes dans le matériel végétal importé, l’élimination des agents pathogènes et le transfert de matériel végétal sain au niveau international. Visacane a aussi un service de formation et d’expertise phytosanitaire international.