Missions de l'équipe

Décrire et comprendre la dynamique épidémique et évolutive des Xanthomonas, explorer les mécanismes de pathogénie bactérienne et de sensibilité/résistance des plantes pour proposer des méthodes de contrôle originales et durables.

Objectifs généraux

L’équipe XPLAIN s'intéresse principalement aux interactions entre les bactéries du genre Xanthomonas et ses hôtes, notamment chez le riz, le manioc et les agrumes, mais aussi d'autres organismes modèles, le cas échéant. Nos finalités sont d’améliorer le contrôle des maladies causées par ces bactéries i) en identifiant les facteurs du pouvoir pathogène, ii) en décortiquant les réponses de la plante lors de l’infection, iii) en déchiffrant le fonctionnement des épidémies, et iv) en proposant de nouvelles sources de résistance.

Thématique de recherche

Les Xanthomonas sont un genre bactérien s'attaquant au moins à 124 espèces de plantes monocotylédones et 268 espèces de plantes dicotylédones. Chaque espèce bactérienne est divisée en pathovars, reflétant une spécialisation d'hôte et de symptomatologie. Ceci nous permet de travailler sur des modèles biologiques complémentaires (systémiques vs. parenchymateux, hôte pérenne vs. hôte annuel, maladie émergente vs. maladie endémique…) afin de déchiffrer les mécanismes de la spécialisation d'hôte et de tissus ainsi que les facteurs conduisant aux émergences.

Nos travaux s’articulent autour de trois axes majeurs :

• Étude des facteurs impliqués dans le pouvoir pathogène des Xanthomonas et de la réponse de l’hôte (au niveau de la cellule, des tissus et de l’organisme) :
  système de sécrétion de type III, effecteurs de type III, effecteurs TAL, petits ARN, cibles végétale de sensibilité, gènes de résistance, interaction entre ces différents facteurs…
• Génotypage des populations et approches génomiques pour la compréhension de l’épidémiologie, de la diversité et de l’évolution des agents pathogènes :
  reconstitution de phylogénies, histoire évolutive des Xanthomonas, identification d'événements démographiques et identification des facteurs sous-jacents, ADN anciens…
• Ingéniérie de la résistance :
  édition du génome, criblage de germplasm, transfert des connaissances et des technologies vers les partenaires du Sud.

Echelle d'étude

Notre échelle d’étude va de la molécule à la petite région agricole, avec des incursions à l’échelle mondiale, l’une des caractéristiques de notre approche étant d’avoir une meilleure connaissance globale des maladies afin de pouvoir proposer des solutions de contrôle localement adaptées. Au niveau temporel nous suivons la dynamique épidémique et l’évolution des Xanthomonas à petite échelle (années), mais certains de nos projets concernent du matériel biologique d’herbier, vieux de 2 à 3 siècles.

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