Le riz constitue l’aliment de base de plus de la moitié de la population mondiale et sa consommation est en forte augmentation en Afrique de l’Ouest. De multiples contraintes affectent sa production, limitant ainsi les rendements rizicoles mondiaux, particulièrement au Burkina Faso où la production rizicole couvre à peine 47% des besoins des populations. Cela s’explique en partie par les dégâts causés par les agents pathogènes viraux, bactériens et fongiques. La compréhension de la dynamique spatiotemporelle des maladies et l'identification des facteurs de risque sont d'une importance capitale pour guider le déploiement de moyens de lutte efficaces car l’infection d’un hôte dépend de l’agent pathogène considéré mais aussi de la plante, en termes de génotype et de son environnement biotique et abiotique. L’environnement biotique de la plante comprend les micro-organismes associés aux racines qui peuvent maintenant être appréhendés grâce aux techniques récentes de séquençage haut débit. Nous avons mené la présente étude entre 2016 et 2019 à l’ouest du Burkina Faso dans trois zones géographiques, comprenant chacune un périmètre irrigué et un bas-fonds situé à proximité, soit un total de six sites. Tout d’abord, des entretiens ont été réalisés avec les agriculteurs pour caractériser les pratiques culturales utilisées dans chacun des sites. Ils confirment que les deux systèmes de riziculture diffèrent en termes de pratiques culturales, avec notamment le repiquage, les deux saisons de culture de riz, et une plus forte fertilisation minérale en riziculture irriguée. En outre, nous avons réalisé un génotypage de 77 échantillons de riz du Burkina Faso sur des milliers de marqueurs SNP et analysé les données obtenues dans le cadre de la diversité génétique mondiale de Oryza sativa. Tous les échantillons collectés au champ étaient assignés à Oryza sativa indica, sauf un correspondant au groupe Aus. Nous n’avons pas obtenu de différences entre la génétique des échantillons de riz des zones irriguées et celle des bas-fonds, à l'exception du site de Tengrela qui diffère de tous les autres sites, avec la présence de l’échantillon Aus et une différentiation génétique forte par rapport aux cinq autres sites. De plus, nous avons visité annuellement des parcelles de riz et observé les symptômes foliaires afin de comparer les niveaux des quatre principales maladies du riz : la panachure jaune, la bactériose à stries foliaires, la pyriculariose et l’helminthosporiose entre deux systèmes rizicoles. Globalement la fréquence des symptômes (quatre maladies confondues) est plus élevée en riziculture irriguée que dans les bas-fonds. C’est aussi le cas spécifiquement pour la bactériose à stries foliaires et la pyriculariose. En revanche, la panachure jaune du riz est présente avec de fortes fréquence et incidence dans certains sites (‘hotspots’), tandis que l’helminthosporiose est fréquente dans tous les sites. Les fréquences de co-occurrence sont plus élevées dans les périmètres irrigués que dans les bas-fonds. Enfin, nous avons caractérisé la diversité microbienne associée aux racines du riz par une approche de metabarcoding, c’est-à-dire un séquençage haut-débit des loci 16S pour les communautés bactériennes et ITS pour les communautés fongiques. Les principaux facteurs structurant ces communautés microbiennes sont le type de riziculture, la zone géographique, le site et le compartiment racinaire. Nous avons obtenu plus de diversité de procaryotes dans la rhizosphère en riziculture irriguée, avec des réseaux plus complexes, que dans les bas-fonds. Nous avons aussi identifié des phylotypes clés dans les communautés de chaque type de riziculture. Notre approche intégrative, qui s’inscrit dans le concept de ‘phytobiome’, contribue à une meilleure compréhension de la santé de la plante au sens large, dans le but de contrôler les bioagresseurs des cultures tout en protégeant la santé humaine et environnementale.

Mots clés: Riz, riziculture irriguée, bas-fonds, maladies, diversité génétique, microbiome, Burkina Faso

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