Mon projet s’inscrit dans le cadre de l’émergence d’un nouveau concept : l’immunité agroécologique. Le concept d’éco-immunité a initialement été décrit dans le système animal (Sheldon and Verhulst 1996, Sadd and Schmid-Hempel 2009, Schulenburg, Kurtz et al. 2009, Graham, Shuker et al. 2011). Dans le cadre du RMT Bestim, que je co-anime, la communauté dans laquelle je m’inscris a souhaité adapter ce concept à un système végétal cultivé dans un contexte agroécologique, et nous avons donc proposé la notion d’immunité agroécologique. D’une manière générale, ce concept vise à comprendre et à expliquer la variation de la réponse immunitaire dans des environnements écologiques différents, autrement dit, à déterminer pourquoi et comment les facteurs biotiques, abiotiques et développementaux contribuent à la variation de l’immunité d’un organisme vivant (Nobori and Tsuda 2019). Adapté au système végétal avec un objectif de production, il soulève la question du compromis (ou ‘trade-off’) entre immunité et productivité de la culture, ces deux stratégies étant concurrentes pour l’allocation des ressources dans une plante (Karasov, Chae et al. 2017). Ainsi, améliorer la santé des plantes consiste à obtenir le meilleur compromis (trade-off) entre les défenses mises en place par la plante en réponse à un bioagresseur par rapport à sa croissance et son développement. Dans cette finalité, non seulement les mécanismes de l’immunité au sens large doivent être pris en compte, mais également les capacités de la plante à gérer les trade-off et sa résilience face à un certain nombre de facteurs écologiques (facteurs biotiques, abiotiques et développementaux). Cependant, il n’est pas toujours aisé de définir précisément comment ces facteurs perturbent les processus immunitaires ou la balance du trade-off, comme il est difficile d’identifier et de hiérarchiser le poids de chacun dans le système. Étant donné la complexité de ces interactions multiples il s’agit alors de quitter la vision réductionniste qui consistait jusqu’ici à étudier l’impact de ces facteurs séparément et d’adopter un point de vue plus systémique (Zhang, Coaker et al. 2020, Omae and Tsuda 2022). C’est ce type d’approche qui est proposé dans le cadre du phytobiome qui est le pôle disciplinaire dans lequel s’inscrit mon équipe dans l’UMR PHIM (Leach, Triplett et al. 2017, Sharifi and Ryu 2021). En effet, le phytobiome est un terme qui se rapporte à une plante (phyto) dans une zone écologique spécifique (biome). Il comprend la plante elle-même, l'environnement et tous les micro- et macro-organismes qui vivent dans, sur ou autour de la plante. Dans ce contexte l’immunité agroécologique se concentre sur la réponse immunitaire de la plante au sein du phytobiome.

Au sein du phytobiome ce qui m’intéresse particulièrement c’est l’impact de l’accès aux ressources nutritives sous toute leurs formes sur l’immunité de la plante. Est-ce que la modulation des accès aux nutriments dans des systèmes agroécologiques, soit en modifiant la nutrition (par des biostimulants) ou en conséquence de compétition dans les mélanges variétaux, peut entraver l’immunité de la plante et donc le déploiement de ces solutions ?