Les analyses et développements bioinformatiques dans l'unité PHIM s'articulent principalement autour de plusieurs axes:

•     Développement d'outils et d'applications web pour l'analyse des génomes de plantes (Riz, Café, Manioc) et de leurs pathogènes (Nématodes, Bactéries, Champignons, Virus)
•     Développement de procédures pour la recherche d'effecteurs de pathogènes (TAL effector, MAX effector...) et de leur cibles
•     Analyse de données NGS, GBS, Long read (ONT), sRNA, RNASeq et analyse d'expression différentielle en conditions d'infection
•     Analyse de SNPs/variants génétiques dans des populations et recherche de marqueurs associés à la résistance/virulence
•     Analyse de pangénome, pan-gene-atlas
•     Métagénomique et Métabarcoding
•     Modélisation épidémiologique
•     Analyse d'images
•     Développement de workflow (snakemake, galaxy)

Ces travaux réunissent des ingénieurs, des techniciens et des chercheurs autour de projets de recherches dans les différents pôles de PHIM.